Третий сезон Тайн Смолвиля начинается с того, что Кларк Кент уже не тот наивный парень, каким был раньше. Он всё чаще задумывается о своём происхождении и боится, что правда может разрушить жизнь близких людей.

Кларк всё так же влюблён в Лану Лэнг. Девушка носит ожерелье из метеоритного камня, которое ослабляет Кларка, поэтому даже простое объятие для них почти невозможно. Лана пытается жить дальше после потери родителей, но воспоминания о метеоритном дожде 1989 года не отпускают её.

Лекс Лютер становится всё ближе к Кларку. После того как Кларк спас ему жизнь, Лекс видит в нём настоящего друга. При этом отец Лекса, Лионель Лютер, продолжает манипулировать сыном и ищет любые способы узнать тайны семьи Кент.

Джонатан и Марта Кент делают всё возможное, чтобы защитить сына. Им приходится придумывать новые оправдания, когда Кларк случайно проявляет сверхчеловеческую силу или скорость. Родители боятся, что правительство или кто-то вроде Лионеля Лютера узнает правду.

В этом сезоне в жизнь Кларка входит красный криптонит. Когда Кларк надевает кольцо с этим камнем, он становится совсем другим человеком - дерзким, эгоистичным и без тормозов. Друзья с трудом узнают его в такие моменты.

Хлоя Салливан продолжает свои расследования. Она всё ближе подходит к разгадке тайны Кларка, собирает странные заметки и фотографии. Её любопытство создаёт напряжение между ней и Кларком, хотя они остаются близкими друзьями.

Пит Росс единственный из друзей знает секрет Кларка. Ему тяжело хранить такую тайну, особенно когда Лана или Хлоя начинают задавать неудобные вопросы.

Лионель Лютер всё глубже погружается в изучение метеоритного дождя. Он подозревает, что с Кларком что-то не так, и готов использовать любые средства, даже сына, чтобы докопаться до истины.

В третьем сезоне Кларк впервые сталкивается с биологическим отцом - Джор-Элом. Голос из прошлого начинает говорить с ним через ключ от корабля. Кларк узнаёт новые ужасающие подробности о том, зачем его отправили на Землю.

Сезон наполнен трудными выборами. Кларку приходится решать, готов ли он принять свою судьбу или продолжать жить обычной жизнью подростка. Каждый его шаг приближает к моменту, когда тайна перестанет быть тайной.

Дружба, любовь, предательство и первые настоящие испытания супермена - всё это ждёт зрителя в третьем сезоне Тайн Смолвиля. Кларк всё ближе к тому, чтобы понять, кто он на самом деле, но цена этого знания оказывается очень высокой.