Третий сезон Тайн Смолвиля начинается с того, что Кларк Кент всё ещё пытается понять, кто он на самом деле. Прошёл уже третий год после того метеоритного дождя 1989 года, который перевернул жизнь маленького городка в Канзасе. Зелёные камни до сих пор лежат в полях, а тайны только множатся.

Кларку шестнадцать. Он сильнее любого взрослого, быстрее машины и может видеть сквозь стены. Но всё это приходится прятать каждый день. Родители, Джонатан и Марта, боятся, что если правда выплывет, их сына заберут и будут изучать как подопытного. Поэтому Кларк даже в футбол играть не имеет права, хотя мог бы одним движением забить мяч на соседнее поле.

С Ланой Лэнг по-прежнему тяжело. Девушка, в которую он влюблён с первого взгляда, носит на шее кулон из того самого метеорита. Стоит Кларку подойти ближе, чем на пару метров, как силы уходят, ноги подкашиваются, а голова раскалывается. Лана чувствует, что он что-то скрывает, и это отдаляет их друг от друга.

Тем временем Лекс Лютер всё глубже погружается в изучение того дня, когда чуть не утонул в реке. Кларк тогда вытащил его вместе с машиной голыми руками. Лекс благодарен, но благодарность быстро превращается в одержимость. Он хочет знать, как обычный деревенский парень совершил невозможное. Лекс открывает секретные лаборатории и нанимает учёных, чтобы разобраться в зелёных камнях и в самом Кларке.

В Смолвиле появляются новые странные люди. Кто-то получает способности от метеоритов и использует их не во благо. Каждую неделю в городке происходит что-то необъяснимое: то учитель превращается в огненного человека, то одноклассник начинает управлять насекомыми. Кларк вынужден тайком вмешиваться, спасать людей и снова исчезать, пока никто не заметил.

Хлоя Салливан, лучшая подруга Кларка, всё ближе подбирается к правде. Она ведёт свою стенгазету Стена странностей и собирает вырезки о каждом случае. Девушка умная и упорная, и Кларку всё сложнее от неё отмахиваться.

Пит Росс, другой близкий друг, уже знает секрет. Он случайно увидел, как Кларк поднял трактор одной рукой. Теперь Пит прикрывает друга, хотя иногда это стоит ему нервов и синяков.

Джонатан Кент всё больше переживает, что сын отдаляется. Он сам когда-то мечтал о большой футбольной карьере, а теперь запрещает Кларку даже пробежаться по полю. Между отцом и сыном растёт стена недосказанности.

Марта старается быть мостом между ними. Она мягче, понимает, что Кларк взрослеет и ему тяжело жить в вечной лжи. Иногда по ночам она сидит с ним на крыльце и просто молчит, чтобы он знал, что не один.

Лекс тем временем находит в своём поместье старую комнату отца. Там спрятаны документы о метеоритном дожде и о проекте, который Лайонел Лютер вёл много лет назад. Чем больше Лекс читает, тем страшнее становятся догадки.

Кларк чувствует, что скоро всё изменится. Он уже не может просто прятаться и ждать. Город, друзья, любимая девушка, каждый из них в опасности, пока он молчит. Но если он раскроется, назад дороги не будет.

Третий сезон Тайн Смолвиля это история о том, как тяжело быть подростком, когда ты одновременно и обычный парень, и будущее спасение мира. Кларк учится жить с силой, которую пока не понимает, и с сердцем, которое болит сильнее любой боли от зелёных камней.