Третий сезон сериала Алекс Лютый носит подзаголовок Дело Сирот. История начинается сразу после самоубийства бывшего руководителя айнзацгруппы СС Манкевича.

Подполковник Андрей Елисеев не может оставить это дело. Он понимает, что смерть Манкевича лишь открыла дверь в старые, ещё не закрытые преступления.

Елисеев и его отдел начинают искать остальных участников той самой карательной группы. Поиск приводит их к страшной истории августа 1941 года.

В одном из городов, в здании местного музея, тогда размещался отряд Манкевича. Рядом, в подвале того же здания, прятались дети из детского дома. Их забыли эвакуировать, когда фронт подошёл слишком близко.

После того как отряд карателей покинул музей, детей никто больше не видел. Они просто исчезли.

Елисеев находит секретный архив Алекса Лютого. Там хранятся имена и фотографии всех, кто служил под началом Манкевича. Некоторые из них до сих пор живы и живут обычной жизнью.

Команда начинает проверять этих людей одного за другим. И тут происходит странное. Каждый, к кому они успевают подойти, вскоре погибает.

Смерти выглядят по-разному. Кто-то попадает под машину, кто-то падает с лестницы, кто-то умирает от внезапного сердечного приступа. Но всё это случается слишком вовремя и слишком часто.

Елисеев понимает, что кто-то очень тщательно заметает следы. И этот кто-то знает о каждом шаге следствия.

Постепенно раскрывается картина того, что произошло с детьми в подвале музея. Оказывается, их судьба стала личным секретом нескольких человек из отряда.

Те, кто выжил до наших дней, всю жизнь боялись, что правда выйдет наружу. Теперь они готовы на всё, лишь бы она осталась погребённой навсегда.

Елисееву предстоит не только найти последних преступников, но и защитить тех, кто может стать следующей жертвой. Время работает против него.

Каждый новый день приносит новые смерти и новые вопросы. Кто именно из прошлого решил стать судьёй и палачом для своих бывших товарищей.

В этом сезоне зрителей ждёт ещё больше напряжения, неожиданных поворотов и горькой правды о войне, которая до сих пор не отпускает тех, кто её пережил.